不明的病毒襲擊了泰國的一個小村子,美國派人調查,而後村莊被油氣彈毀滅,只有一名小男孩BOY(福田響志飾)未被感染,並被F(波岡一喜飾)救出而倖存。而後的調查指向名為『藍船(The Blue Ship)』的環保組織,其認為人類的過多繁殖影響了地球的生存,從而研究病毒準備毀滅大部分人類。與此同時,為了與夜神月的決戰而在死亡筆記本上寫下了自己名字的L(松山研一飾),設定自己會在23天後在睡夢中安詳死去。也就是L必須在23天之內調查並制止這個事件。在失去了最好搭檔渡(籐村俊二飾)的情況下,L、BOY、FBI探員駿河秀明(南原清隆飾)和二階堂真彥教授(鶴見辰吾)的女兒二階堂真希(福田麻由子飾)必須對抗以久條希實子(工藤夕貴飾)為首的環境恐怖分子。最後在二階堂教授的同事松戶浩一教授(平泉成飾)的協助下,L在BOY的協助下找出了抑制病毒的方式,在波音747越洋客機上粉碎了毀滅人類的陰謀。後來BOY被L送到了孕育L的孤兒院,取名為Near。